Bereits 1662 befasste sich der Bautzener Kammerprokurator Benjamin Leuber mit der Geschichte der Ortenburg. Er schreibt die Gründung der Ortenburg dem ostfränkischen König Ludwig dem Deutschen (846-876) zu.
Damit war bereits eine bis heute ungeklärte Kernfrage der Ortenburgforschung thematisiert: Ist an der Stelle der heutigen Ortenburg eine Vorgängerburg, die Stammeshauptburg der Milzener zu suchen?
Die Mauern des heutigen Hauptgebäudes gehen auf einen grundhaften Neubau der 1401 und wohl auch 1441 zerstörten Burg in den Jahren 1483-86 unter dem Landvogt Georg von Stein zurück.
Erste archäologische Untersuchungen wurden im Jahre 1907 dokumentiert. Diese Untersuchungen führte der 1901 gegründete Bautzener Zweigverein der Gesellschaft für Anthropologie und Urgeschichte der Oberlausitz unter Leitung von R. Needon.
Die älteste Burg auf dem Ortenburgfelsen stammt aus der frühen Eisenzeit (ca. 750 v. Chr.). Ob in diese dann die Milzener eine Burg einbauten, ist anhand archäologischer Beobachtungen alleine bisher nicht zu entscheiden. Zukünftige Beobachtungen werden weiterhin diese Frage berücksichtigen müssen.
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